Nach dem Verkauf seines Busunternehmens Werner GmbH & Co. KG an die Abellio Bus GmbH Ende 2006 übernahm Thomas Werner die Geschäftsführung im Unternehmen. Die starke Entwicklung des Bereiches Linienverkehr im Unternehmen hat Werner, der bereits im Januar 2008 die alleinige Verantwortung des Unternehmensbereiches „Werner Reisen“ übernahm, zu der Entscheidung geführt, das Busunternehmen zu verlassen und sein eigenes, bestehendes Reisebüro Werner verstärkt zu betreiben.
„Das Reisegeschäft ist mein Favorit und muss mit der gleichen Intensität gemanagt werden wie der Linienverkehr“, so Werner. „Rückblickend sehe ich die Zeit als Geschäftsführer bei Werner Reisen als Übergangsphase, um zum einen das Unternehmen endgültig in andere Hände zu geben, und mich zum anderen nun meinem eigentlichen Themenschwerpunkt, dem eigenen Reisebüro, zuwenden zu können.“
„Mit seinem umfangreichen Fachwissen und der fundierten regionalen Kenntnis war Thomas Werner der Mann der ersten Stunde im neuen Abellio-Unternehmen Werner. Wir sind aber auch sicher, dass Herr Werner die für Abellio-Geschäftsführung.