Etwa 70 Kilometer liegt Helgoland – Deutschlands einzige Hochseeinsel – vom Festland entfernt, weshalb sie ein besonders beliebtes Ausflugsziel ab Cuxhaven ist. Ganzjährig startet an der „Alten Liebe“ in Cuxhaven das mit dem Flüssiggas angetriebene Seebäderschiff MS Helgoland, das die gleichnamige Hochseeinsel in etwa zweieinhalb Stunden erreicht und Platz für ca. 1000 Passagiere bietet. Knapp die Hälfte der Zeit benötigen die Highspeed-Katamarane MS Nordlicht II und Halunder Jet, um im Helgoländer Hafen festzumachen.
In See stechen kann man von Cuxhaven aus aber auch zu einer Minikreuzfahrt zu den Seehundsbänken, zur Hafen- oder Abendrundfahrt und zu einer Fahrt durch die Schleusenanlagen des Nord-Ostsee-Kanals. Von März bis November ebenfalls täglich legen in Cuxhaven die MS Jan Cux und Jan Cux II zu Hafenrundfahrten und zu den Seehundsbänken ab. Dabei geht es zunächst zu den Robben, die sich auf den Sandbänken in der Elbmündung aufhalten, und anschließend durch die Anlagen von Deutschlands zweitgrößtem Nordsee-Fischereihafen. Neben Seehunden und Hafen steht bei einem Ausflug mit dem Motorschiff Jan Cux II auch der Offshore-Windparkhafen auf dem Programm.